483
Bol. Soc. Argent. Bot. 55 (3) 2020
M. Arias Aburto et al. - Análisis taxonómico molecular en Lathyrus
5’-CGCGCATGGTGGATTCACAATCC-3’)
(CBOL, 2009). Las reacciones de PCR con cada
pareja de cebador se preparó a un volumen total
de 24 µL como se describe a continuación: 12
µL de Master Mix SapphireAmp Fast PCR 2X
(Takara-Clontech, Kusatsu, Japón), 1,5 µL de
cada cebador forward y reverse (5 µM), 3 µL de
agua libre de nucleasas y 6 µL de ADN genómico
(5 ng µL
-1
). Las amplicaciones se realizaron en
un termociclador MultiGene OptiMax (Labnet
International, Edison, USA) con las siguientes
condiciones: un paso inicial de 10 min a 95
°C, 35 ciclos de amplicación con 40 s a 95
°C, 40 s de temperatura de anillamiento según
marcador (matK 55°C, ITS 56°C, rpoC1 53°C
y psbA-trnH 58°C) y 40 s a 72 °C, seguido por
un paso de extensión nal de 7 min a 72 °C. Los
productos de PCR fueron visualizados en geles
de agarosa a 1,5%, en tampón TBE 0,5 X y teñido
con GelRed
TM
Nucleic Acid Gel Stain a 0,1 %
(Biotium, California, USA). Luego se puricó
el producto de PCR con el kit de puricación
Kit Wizard SV Gel and PCR Clean-Up System
(Promega, Wisconsin, USA) y finalmente se
envió a secuenciar a la empresa Macrogen Inc.
(Corea del Sur).
Análisis de datos
Se editaron las secuencias de ADN “Forward”
y “Reverse” con el software Chromas Pro
v1 (Technelysium Pty, Ltd) y se ensamblaron
utilizando el programa DNA Baser Sequence
Assembler (v4.10) donde se aplicaron ajustes
y análisis automáticos predeterminados para la
edición de “contig” (Biosoft, 2012). Para realizar
los análisis se descargaron varias secuencias
de especies del género Lathyrus que mostraron
máximo puntaje de alineación con nuestro
segmento consultado en “GenBank” (BLASTn),
siendo en total 10 secuencias para el marcador ITS
(JN115031, MN736435, DQ311968, AY839344,
DQ311967, AY839383, AY839359, AY839405,
AM401152, JQ309787), 13 secuencias rpoC1
(KJ850238, KJ850235, KJ806193, KJ806196,
KJ806195, KJ806199, KJ850236, KJ806202,
KP126867, KJ806192, KJ806200, KJ806201,
KJ850237), 7 secuencias psbA-trnH (KJ850237,
JX505926, HE966680, JX505951, JX505952,
KJ806192, KJ806193), 9 secuencias matK
(KJ850237, JX505798, JX505815, AF522085,
KX676551, KM487289, KJ806201, KJ850238,
KJ850236) y otras secuencias de Lathyrus
(KJ806236, KJ806198) (Tabla S1). Para cada
marcador se usaron dos secuencias de ADN del
género Vicia L., como grupo externo, siendo
estas Vicia cracca L. (JQ309787, JX505993),
Vicia sativa var angustifolia (L.) ex Reichard
(KJ787206), Vicia pisiformis L. (JX506029),
Vicia nigricans Hook. & Arn. (AF522155), Vicia
crocea (Desf.) B. Fedtsch (HM026406), Vicia
sepium L. (MG682352) y Vicia ramuliora L
(MN758738). Las secuencias de las muestras y
las secuencias descargadas se alinearon usando
el software MEGA 6 (Tamura et al., 2013), para
cada uno de los marcadores “barcode” usados.
Para evaluar la logenia se utilizó el método de
agrupamiento Neighbor Joining (NJ) e Inferencia
Bayesiana (IB). El análisis NJ y las distancias
genéticas por pares de especies fueron inferidos
basados en el modelo Tamura-Nei (Tamura
& Nei, 1993) utilizando el software MEGA6
(Tamura et al., 2013) y para la conabilidad
del soporte de los análisis se utilizaron 1000
réplicas de bootstrap (BS). El análisis de IB se
llevó a cabo con MrBayes 3.2 (Ronquist et al.,
2012). Se utilizó el programa Mr.Modeltest 2.3
(Nylander, 2008) para explorar el mejor modelo
de evolución que se ajusta a los datos de las
secuencias de ADN, basado en “corrected Akaike
Information Criterion (AICc)”. Una prueba de
razón de probabilidad jerárquica implementada
con el programa MrModeltest y AICc sugirió
que el modelo de evolución que mejor se ajusta
es SYM+G para datos ITS, GTR+G para datos
matK, GTR+I para datos psbA-trnH, GTR+I+G
para datos rpoC1 y para datos concatenados de
marcadores de cloroplasto (matK+psbA+rpoC1).
Se efectuaron dos análisis independientes de
Cadenas de Monte Carlo Markov (CMCM) que
consta cada una de 3.000.000 generaciones,
obtenidos con una desviación promedio de
frecuencias inferior a 0,006. Los árboles se
muestrearon con una frecuencia cada 1000
generaciones, y el 25% de los primeros árboles
se desecharon como “burn-in”. Se utilizó el
programa TRACER v. 1.5 (Rambaut &
Drummond, 2007) para vericar la estabilidad de
la probabilidad general y la convergencia entre
generaciones de los análisis ejecutados con Mr
Bayes. La abilidad de los clados en el análisis